El Doctorado en Ciencias Económicas con enfoque en la investigación, tiene como objetivo llevar el ejercicio científico del área de las ciencias sociales y económicas mediante herramientas teórico- metodológicas a la investigación. El programa cuenta con asignaturas obligatorias, temas que el alumno elige, cursos tutoriales. Las asignaturas obligatorias son: Economía, Economía Avanzada y los Seminarios de Investigación I, II, III y IV. Los cursos tutoriales que se ofrecen son: Econometría, Economía Agrícola, Economía Matemática, Economía Regional, Economía de la Educación Superior, Economía Financiera y Política Empresarial. Los créditos de los cursos de temas selectos, se cubren al seleccionar materias como Economía de la Pequeña y Mediana Empresa, Teoría de la Organización Industrial, Economía Matemática, Economía Laboral y Metodología de la Ciencia Económica.
El programa de Doctorado en Ciencias Económicas es reconocido en el Padrón Nacional de Posgrados de Calidad (PNPC), en nivel de competencia internacional. Lo que lo coloca en una reducida lista de programas en el país que cuentan con esta distinción.
Asimismo, se cuenta con infraestructura y personal académico que aseguran un programa de calidad en un contexto transfronterizo y regional. A lo largo de los años se ha logrado consolidar un Núcleo Académico Básico altamente competitivo, que realiza investigación de frontera en temas de capital humano y desarrollo empresarial, desarrollo agroalimentario y sobre aspectos del desarrollo regional y fronterizo. El 100% de sus profesores forman parte del Sistema Nacional de Investigadores y de ellos el 67% en los niveles II y III, lo cual ha sido posible gracias a una fuerte dinámica de trabajo colegiado que ha permitido una amplia producción científica en revistas internacionales y nacionales, libros y capítulos de libros, además de la colaboración con otros grupos de investigación del país y del mundo. Esta experiencia se pone a disposición de los estudiantes del programa, mediante la dirección de tesis o participación en proyectos de investigación, el compromiso tanto de los profesores como estudiantes han permitido sostener una elevada tasa de eficiencia terminal superior al 90% y en las últimas tres generaciones del 100%.